Básicamente existen dos tipos de sistemas, los sistemas no intensivos (abiertos o de pilas) y los sistemas intensivos (cerrados o forzados).

Los sistemas no intensivos trabajan con pilas abiertas que se voltean regularmente a fin de airearlas y así conseguir que tengan una cantidad de oxígeno adecuada. Deben controlarse las condiciones del proceso a fin de mantener los valores adecuados de humedad, temperatura y oxígeno.

Los sistemas intensivos pueden trabajar en el interior de una nave o utilizar reactores, como túneles, contenedores, boxes, digestores, silos, etc.

Estos últimos sistemas tienen la ventaja de que el proceso es totalmente controlable, y por lo tanto, permite minimizar la generación de malos olores, precisan menos superficie y optimizan el espacio, ya que acortan ligeramente el tiempo de compostaje.